Παρόμοια η πορεία και στην επόμενη δεκαετία. Μετά από 6 χρόνια η ΟΜΟΝΟΙΑ βάσει τέλος στην ανομβρία τίτλων και κατακτά το κύπελλο του 2000.Ακολουθούν 2 τίτλοι πρωταθλήματος (2001, 2003), όμως οι επιτυχίες δεν έχουν συνέχεια.

Η κατάκτηση του κυπέλλου στα 2005, αποτέλεσε όαση σε μία επταετή ξηρασία. Τελικά, το 2010, έρχεται η επιστροφή στη κορυφή με την κατάκτηση του 20ου πρωταθλήματος . Την αμέσως επόμενη περίοδο, η ΟΜΟΝΟΙΑ κατακτά το 13ο κύπελλο.

* από την επίσημη ιστοσελίδα της Ομόνοιας www.omonoia.com.cy