Η Ομόνοια κατά την περίοδο του 1959 έλαβε μέρος στο Κύπελλο Ανεξαρτησίας που οργανώθηκε από την ΚΟΠ στις αρχές Απριλίου, αφού το πρωτάθλημα δεν έγινε λόγω της ανώμαλης κατάστασης που επικρατούσε. Οι ανώμαλες συνθήκες  τότε λόγω των δικοινοτικών ταραχών είχαν ως αποτέλεσμα να εφαρμοσθεί από τους Άγγλους αποικιοκράτες κατ’ οίκον περιορισμός με τα γνωστά επακόλουθα του.

Τον Φεβρουάριο του 1959 υπογράφτηκαν οι συμφωνίες Ζυρίχης – Λονδίνου και τα απαγορευτικά μέτρα ήρθησαν. Η ΚΟΠ τότε αποφάσισε σε ειδική συνεδρία της να οργανώσει το Κύπελλο Ανεξαρτησίας όπου και έλαβαν μέρος όλες οι ομάδες της πρώτης και δεύτερης κατηγορίας. Το Κύπελλο Ανεξαρτησίας άρχισε στις 5 Απριλίου και τέλειωσε στις 27 Ιουνίου 1959.

Οι κανονισμοί της διοργάνωσης είχαν πολλά κενά. Ξεκίνησε με διπλούς αγώνες και τελείωσε με μονούς. Σε περίπτωση ισοπαλίας προκρίνετο η ομάδα που θα είχε την τύχη με το μέρος της στη ρίψη του νομίσματος.
Μετά το τέλος του Α’ γύρου αποφασίστηκε ότι οι αγώνες του Β’ γύρου θα γίνονται μονοί.

Στον τελικό αγωνίστηκαν οι ομάδες της Ανόρθωσης και της ΑΕΛ με νικήτρια την ομάδα της Αμμοχώστου με 1-0. Η Ομόνοια έπαιξε με τον Ορφέα Λευκωσίας και τον απέκλεισε χάνοντας 1-2 στον πρώτο αγώνα και κερδίζοντας τον δεύτερο με 7-0. Στη συνέχεια αγωνίστηκε με την Ανόρθωση σε μονό αγώνα όπου έχασε με 3-0.

Πηγή: Βιβλίο Πενήντα χρόνια Ομόνοια – Μισός αιώνας δόξας (1998)