Η βαθμολογία στο τέλος της Α΄ φάσης ήταν:
| Θέση |
Ομάδα |
Α. |
Ν. |
Ι. |
Η. |
ΓΥ. |
ΓΚ. |
ΔΤ. |
Β. |
Αποτέλεσμα |
| 1 |
ΑΠΟΕΛ |
26 |
20 |
2 |
4 |
72 |
18 |
54 |
62 |
Συμμετοχή στον Α΄ όμιλο. |
| 2 |
ΑΕΚ |
26 |
19 |
4 |
3 |
47 |
17 |
30 |
61 |
| 3 |
Ανόρθωση |
26 |
15 |
7 |
4 |
48 |
22 |
26 |
52 |
| 4 |
Ομόνοια |
26 |
14 |
7 |
5 |
46 |
24 |
22 |
49 |
| 5 |
Απόλλων |
26 |
14 |
7 |
5 |
41 |
24 |
17 |
49 |
| 6 |
Νέα Σαλαμίνα |
26 |
8 |
9 |
9 |
37 |
52 |
-15 |
33 |
| 7 |
Άρης |
26 |
8 |
7 |
11 |
29 |
31 |
-2 |
31 |
Συμμετοχή στο Β΄ όμιλο. |
| 8 |
ΑΕΛ |
26 |
9 |
4 |
13 |
22 |
32 |
-10 |
31 |
| 9 |
Δόξα |
26 |
7 |
9 |
10 |
31 |
41 |
-10 |
30 |
| 10 |
Πάφος FC |
26 |
6 |
9 |
11 |
35 |
47 |
-12 |
27 |
| 11 |
Εθνικός Άχνας |
26 |
5 |
9 |
12 |
27 |
43 |
-16 |
24γ |
| 12 |
Ερμής |
26 |
6 |
6 |
14 |
22 |
40 |
-18 |
24γ |
| 13 |
ΕΝΠ |
26 |
4 |
8 |
14 |
28 |
47 |
-19 |
20 |
Υποβιβασμός στη Β΄ κατηγορία 2016-17 |
| 14 |
Α. Ο. Αγία Νάπα |
26 |
0 |
6 |
20 |
17 |
64 |
-47 |
6
|
Η τελική βαθμολογία του Α΄ ομίλου ήταν:
| Θέση |
Ομάδα |
Α. |
Ν. |
Ι. |
Η. |
ΓΥ. |
ΓΚ. |
ΔΤ. |
Β. |
Αποτέλεσμα |
| 1 |
ΑΠΟΕΛ |
36 |
26 |
5 |
5 |
91 |
26 |
65 |
83 |
Πρωταθλητής-Συμμετοχή στο ΟΥΕΦΑ Τσάμπιονς Λιγκ 2016–17 |
| 2 |
ΑΕΚ |
36 |
23 |
6 |
7 |
61 |
34 |
27 |
75 |
Συμμετοχή στο ΟΥΕΦΑ Γιουρόπα Λιγκ 2016-17 |
| 3 |
Απόλλων |
36 |
19 |
11 |
6 |
61 |
36 |
25 |
68 |
Κυπελλούχος-Συμμετοχή στο ΟΥΕΦΑ Γιουρόπα Λιγκ 2016-17 |
| 4 |
Ομόνοια |
36 |
20 |
7 |
9 |
63 |
34 |
29 |
67 |
Συμμετοχή στο ΟΥΕΦΑ Γιουρόπα Λιγκ 2016-171 |
| 5 |
Ανόρθωση |
36 |
16 |
11 |
9 |
57 |
41 |
16 |
59 |
|
| 6 |
Νέα Σαλαμίνα |
36 |
9 |
10 |
17 |
44 |
72 |
-28 |
37
|