Ο Μιχαηλίδης ανέλαβε την ομάδα στα μέσα της περιόδου 1996-97, αντικαθιστώντας τον Άγκελ Κόλεφ. Την χρονιά αυτή ο Μιχαηλίδης δεν κατάφερε να κάνει και πολλά πράγματα αφού ήδη ο προγραμματισμός είχε γίνει από τον προκάτοχό του. Όμως την επόμενη χρονιά κατάφερε να δημιουργήσει ένα πολύ δυνατό σύνολο και η ομάδα τερμάτισε δεύτερη τέσσερις βαθμούς πίσω από την Ανόρθωση. Το μεγαλύτερο επίτευγμα του Μιχαηλίδη ήταν ότι επέλεξε και έφερε στην Κύπρο ένα από τους μεγαλύτερους σκόρερ όλων των εποχών και παντοτινό ίνδαλμα των φίλων της Ομόνοιας τον Ράινερ Ράουφμαν.

Όμως ο παικταράς που ο Μιχαηλίδης έφερε αν και κατάφερε να πετύχει 42 γκόλ!! την πρώτη χρονιά αστόχησε σε ένα πέναλτι στο ντέρμπι με την Ανόρθωση στο Μακάρειο Στάδιο το 1998, έτσι η Ομόνοια δεν στέφθηκε πρωταθλήτρια και ο Μιχαηλίδης δεν κατάφερε να πανηγυρήσει τον πρώτο του τίτλο. Την επόμενη χρονιά ο κ. Μιχαηλίδης έφτασε τόσο κοντά όσο ποτέ, η ομάδα τερμάτισε για δεύτερη φορά πίσω από την Ανόρθωση αλλά αυτή τη φορά με διαφορά τερμάτων και τότε πάρθηκε η απόφαση στο τέλος της σεζόν να φύγει από τον πάγκο της Ομόνοιας.