Το 1965 η ΟΜΟΝΟΙΑ στέφθηκε για πρώτη φορά στην ιστορία της κυπελλούχος Κύπρου, τέσσερα χρόνια μετά την κατάκτηση του πρώτου πρωταθλήματος. Ο τίτλος αυτός ήρθε σε μία χρονική συγκυρία που επιβεβαίωσε την υπεροχή της ΟΜΟΝΟΙΑΣ στον χώρο του κυπριακού ποδοσφαίρου και έστειλε το μήνυμα πως το σωματείο μας δημιουργήθηκε για να μεγαλουργήσει. Στη φωτογραφία διακρίνονται όρθιοι από αριστερά: Δρόσος, Ν. Ελευθεριάδης, Έσσο, Αντωνής, Άκης, Κ. Χριστοφόρου, Κ. Παναγιώτου. Καθήμενοι: Αντωνάκης, Κάττος, Μελής, Κούκος.
Κύριο χαρακτηριστικό εκείνης της εποχής ήταν οι δικοινοτικές συγκρούσεις, οι οποίες δημιουργούσαν ανασφάλεια στον τόπο και ανησυχία για ενδεχόμενη εισβολή της Τουρκίας στην Κύπρο. Σε αυτές τις συνθήκες, αρκετοί αθλητές στρατολογήθηκαν, ανάμεσά τους και πρωτοκλασάτα στελέχη της ΟΜΟΝΟΙΑΣ. Αυτό είχε ως αντίκτυπο την αποδυνάμωση της ποδοσφαιρικής μας ομάδας και η τέταρτη θέση που κατακτήθηκε στο πρωτάθλημα της αγωνιστικής περιόδου 1964-65, θα πρέπει να χαρακτηριστεί ως ικανοποιητική, καθώς επιτεύχθηκε μέσα από αρκετές θυσίες και ηρωικές προσπάθειες.
Η προσοχή όλων στην ομάδα μας είχε στραφεί στον θεσμό του κυπέλλου. Το διοικητικό συμβούλιο ανέλαβε πρωτοβουλίες και εξασφάλισε άδεια για να προπονούνται οι ταλαντούχοι στρατεύσιμοι ποδοσφαιριστές, ενώ ο προπονητής της ομάδας μας Ανδρέας Παύλου Κερεμέζος, ο οποίος ήταν παλαίμαχος ποδοσφαιριστής του ΑΠΟΕΛ, κατάφερε να δώσει ειρμό και προσωπικότητα στο ποιοτικό σύνολο που διέθετε. Η ΟΜΟΝΟΙΑ ενέπνεε ξανά σιγουριά στο γήπεδο, βρήκε τον ρυθμό και χαρακτήρα της, φτάνοντας στη δεύτερη κατάκτηση τίτλου στην ιστορία της.
Η υπεροχή της ΟΜΟΝΟΙΑΣ στο χώρο του κυπριακού ποδοσφαίρου, επιβεβαιώθηκε από την παρουσία της στον τελικό κυπέλλου. Μετά από μία σαρωτική εμφάνιση και μπροστά από 12,000 φίλαθλους, διέλυσε τον Απόλλωνα με 5-1, με τέρματα των Γιάννου Κούκου, Αντωνάκη (2), Μελή και Κ. Χριστοφόρου. Η σύνθεση της ομάδας μας σ' εκείνο το παιχνίδι ήταν: Ελευθεριάδης, Κάττος, Άκης, Αντωνής, Μελής, Δρόσος, Αντωνάκης, Κ. Χριστοφόρου, Έσσο και Γιάννος Κούκος. Πριν φθάσει στον τελικό, η ΟΜΟΝΟΙΑ απέκλεισε διαδοχικά την ΑΕΛ (2-1), τον Ολυμπιακό (1-0) και την Αλκή (0-3).
Αξίζει να σημειώσουμε πως η ΟΜΟΝΟΙΑ είχε πρωτοπορήσει εκείνη την εποχή, καθώς ήταν η πρώτη κυπριακή ομάδα που άρχισε να πραγματοποιεί το βασικό στάδιο της προετοιμασίας της στο εξωτερικό, με πρώτους σταθμούς τη Σοβιετική Ένωση, τη Βουλγαρία και τη Ρουμανία. Οι διεθνείς φιλικοί αγώνες που έδινε η ΟΜΟΝΟΙΑ στα τουρνέ που πραγματοποιούσε, έπαιζαν σημαντικό ρόλο στην μετέπειτα εξέλιξή της, τόσο όσον αφορά το αγωνιστικό κομμάτι, όσο και σε οργανωτικά ζητήματα.
Επίσης, άξιο αναφοράς είναι το γεγονός, πως στο πρωτάθλημα της αγωνιστικής περιόδου 1963-64, που διακόπηκε λόγω των διακοινοτικών συγκρούσεων, η ΟΜΟΝΟΙΑ ήταν στην πρώτη θέση. Σε έξι αγώνες η ομάδα μας πανηγύρισε ισάριθμες νίκες, παίζοντας πολύ καλό ποδόσφαιρο υπό τις οδηγίες του βούλγαρου Στογιάν Πετρόφ. Το συμπέρασμα της φίλαθλης κοινής γνώμης εκείνη την εποχή, ήταν πως δύσκολα θα έχανε το πρωτάθλημα η ΟΜΟΝΟΙΑ.