Πήρε το βάφτισμα του πυρός την χρονιά 2007-2008 ως ο τρίτος στη σειρά προπονητής μετά τους Όκουκα και Σαββίδη, η ομάδα με τις πολλές αλλαγές προπονητών η ομάδα κατάφερε να τερματίσει 3η. Την επόμενη χρονιά δηλαδή 2008-09 ξεκίνησε για πρώτη φορά ξεκινούσε ως πρώτος προπονητής. Ο  Νεντίμ Τούτιτς κλήθηκε από τη διοίκηση να ξεκινήσει τη χρονιά αφού την προηγούμενη η ομάδα είχε καλές παρουσίες. Ο Βόσνιος τεχνικός αγαπήθηκε από τους οπαδούς της Ομόνοιας, ως ποδοσφαιριστής και έχαιρε της εκτίμησης όλων.

Ο Τούτιτς είχε όλες τις προϋποθέσεις να πετύχει αλλά άντεξε μέχρι την 26η αγωνιστική. Οι τίτλοι τέλους για τον Νεντίμ Τούτιτς έπεσαν στο δημοτικό στάδιο της Πέγεια μετά τη δεύτερη σερί ήττα της Ομόνοιας από τον ΑΠΟΠ/Κινύρα μέσα σε λίγες μέρες. Η πρώτη ήττα έφερε τον πρόωρο αποκλεισμό από το κύπελλο, ενώ η δεύτερη ουσιαστικά εκτροχίασε την ομάδα από την πορεία τίτλου. Μπορεί ο Βόσνιος τεχνικός να μην κατέκτησε κάποιον τίτλο, ωστόσο έχει να περηφανεύεται πως με αυτόν στον πάγκο το «τριφύλλι» πραγματοποίησε την καλύτερη ευρωπαϊκή πορεία στην ιστορία του συλλόγου, αφού για πρώτη φορά προκρίθηκε από δύο προκριματικούς γύρους. Απέκλεισε τη Ρένομα Σκοπίων, την ΑΕΚ Αθηνών και αποκλείστηκε με δύο στενές ήττες (2-1) από την ανερχόμενη τότε δύναμη του αγγλικού ποδοσφαίρου Μάντσεστερ Σίτι.  Στα υπέρ του Βόσνιου τεχνικού και το επιθετικό ποδόσφαιρο που έπαιξε η Ομόνοια υπό τις οδηγίες του, αλλά και ο εντυπωσιακός απολογισμός της ομάδας του στα ντέρμπι, με εξαίρεση τα ματς με τον ΑΠΟΕΛ. Ο Τούτιτς κέρδισε μέσα-έξω τις Ανόρθωση, Απόλλωνα και ΑΕΛ, ενώ ηττήθηκε δύο φορές από τον «αιώνιο αντίπαλο».  

Ο «Νέτο» πλήρωσε (λιγότερο) τη δική του απειρία και (περισσότερο) την απειρία της διοίκησης, κυρίως για τα σοβαρά λάθη που έγιναν στον μετεγγραφικό σχεδιασμό της ομάδας.