Ο Νεόφυτος Λάρκου ανέλαβε την Ομόνοια μετά την αποχώρηση του Ντούσαν Μπάγεβιτς την 29η αγωνιστική και κατάφερε να κερδίσει δύο κύπελλα και μία ασπίδα. Στην τρίτη στην ουσία χρονιά στην Ομόνοια, αφού ανέλαβε στο τέλος της περιόδου 2010-11, έκανε μια ολόκληρη χρονιά 2011-12, αποδεσμεύτηκε στη δεύτερη αγωνιστική αφού η ομάδα δεν τα πήγε τόσο καλά στην ευρώπη αλλά δέχθηκε απρόσμενη ισοπαλία από τον Εθνικό στο Δασάκι της Άχνας. Ο Νεόφυτος όμως αμφισβητήτο συχνά από τους οπαδούς της ομάδας και χολωμένος από την όλη στάση απέναντί του παραιτήθηκε. 

Το Σωματείο μας ανακοίνωσε το διαζύγιο με τον Νεόφυτο Λάρκου με ανακοίνωση που ανέφερε : Η εφορία ποδοσφαίρου της «Ομόνοιας», σύμφωνα με την ανακοίνωση, «είχε σήμερα νωρίς το απόγευμα, νέα συνάντηση με τον κ. Λάρκου κατά την οποία συζητήθηκαν διεξοδικά όλα τα ζητήματα που απασχολούν την ομάδα. Ήταν κοινή διαπίστωση, ότι μετά τις τελευταίες εξελίξεις θα εξυπηρετείτο καλύτερα το συμφέρον της ομάδας εάν λυνόταν η συνεργασία μεταξύ των μερών», προστίθεται. Η «Ομόνοια» επιθυμεί να ευχαριστήσει θερμά τον προπονητή Νεόφυτο Λάρκου για τις υπηρεσίες που πρόσφερε στην ομάδα. Στην ανακοίνωση αναφέρεται ότι «κατά τη διάρκεια της θητείας του η ‘Ομόνοια’ κατέκτησε δυο κύπελλα και ένα super cup ενώ έφτασε μία ανάσα πριν την είσοδο της σε Ευρωπαϊκούς ομίλους. Δυστυχώς, συνεχίζει το Σωματείο «Ομόνοια», οι υπάρχουσες συγκυρίες δεν επιτρέπουν τη συνέχιση της συνεργασίας, αυτό όμως δεν ακυρώνει ούτε μειώνει τη συνεισφορά του κ. Λάρκου ο οποίος ανέλαβε την ομάδα μας κάτω από ιδιόμορφες συνθήκες, εργάστηκε σκληρά και την οδήγησε σε επιτυχίες. Η «Ομόνοια» εύχεται καλή συνέχεια στον κ. Λάρκου.
 
Χρέη προπονητή ανέλαβε ο Βοηθός Προπονητής  Σοφοκλής Σοφοκλέους.