Ο Ντούσαν Μπάγεβιτς ανέλαβε την ομάδα μετά την απομάκρυνση του Τάκη Λεμονή και έμεινε στην ομάδα για 20 αγωνιστικές. Στην 28η αποδεσμεύτηκε και προσλήφθηκε στη θέση του ο Νεόφυτος Λάρκου. Ο κόσμος της Ομόνοιας υποδέχθηκε τον Ντούσαν Μπάγεβιτς μετά βαΐων και κλάδων γιατί πίστεψε πως στο πρόσωπό του βρήκε τον προπονητή που θα οδηγούσε την ομάδα στο επόμενο επίπεδο.

Αφού χρειάστηκε κάποια παιχνίδια να προσαρμοστεί στα νέα δεδομένα (ισοπαλίες με Ολυμπιακό και ΑΕΛ), στη συνέχεια η Ομόνοια έδειξε σημάδια βελτίωσης, κυρίως στο ανασταλτικό κομμάτι, και σιγά-σιγά ήρθαν και τα αποτελέσματα.  Στην πορεία, όμως, άρχισαν τα προβλήματα. Από τη μια οι δύσκολες συνθήκες κάτω από τις οποίες κλήθηκε να δουλέψει ο «Ντούσκο» και οι όποιες συνέπειες είχε η οικονομική στενότητα που ταλάνιζε εκείνη τη χρονική περίοδο τον σύλλογο, και από την άλλη η δική του αδιαφορία και έλλειψη όρεξης να προσφέρει ουσιαστικό έργο στην ομάδα, κατέστησαν αμφίβολο το μέλλον του στην ομάδα.  Το γυαλί ράγισε μετά την ήττα από τον Απόλλωνα στην τελευταία αγωνιστική της κανονικής περιόδου. Μετά τον αγώνα, ο Μπάγεβιτς εξέφρασε σε κάποιους την επιθυμία να αποχωρήσει, εκτός και αν άλλαζαν κάποια πράγματα, κυρίως σε σχέση με τις «συνθήκες εργασίας» του.

Αρχικά, η διοίκηση Μιλτιάδη Νεοφύτου ξεκαθάρισε πως ο «πρίγκιπας» τυγχάνει της απόλυτης εμπιστοσύνης του Δ.Σ. και πως υπάρχει πλήρης ταύτιση απόψεων για τη συνέχεια. Το γυαλί, όμως, έγινε συντρίμμια λίγες μέρες αργότερα και ο Μπάγεβιτς αποτέλεσε παρελθόν μετά την ήττα από τον ΑΠΟΕΛ (2-0) στην 2η αγωνιστική των πλέι-οφ.